Die Kirche San Francisco befindet sich nur wenige Straßen von Limas Hauptplatz Plaza de Armas entfernt. Die Fassade ebenso wie die zwei Türme der Kirche ist im spanischen Barock gehalten, das Hauptportal besteht aus reich verziertem Granit.
Die Kirche ist eines der besten Beispiele für die Sakralarchitektur in Peru, die sich durch ihre Gedrungenheit und geringe Höhe auszeichnet. Da das Land häufig von Erdbeben heimgesucht wird, ist dies die einzige Möglichkeit, stabile Gebäude zu bauen.

An die Kirche angeschlossen ist das Franziskanerkloster. Die Kirche wurde 1673 geweiht, lange bevor der Komplex baulich fertiggestellt war. Im Jahre 1940 musste ein Teil des Klosters einer Straße weichen. Deshalb ist es nicht mehr in seiner ursprünglichen Größe vorhanden.

Das Kloster besitzt eine Bibliothek mit etwa 25.000 Texten, die die klassischen Bildungsbereiche wie Theologie, Philosophie, Geschichte, Literatur und Musik abdecken. Darunter befindet sich das erste spanische Wörterbuch der Royal Spanish Academy und eine Bibel aus dem 16. Jahrhundert. Sie sind in verschiedenen Europäischen Sprachen geschrieben. Doch auch handgeschriebene Texte der Quechua aus der Zeit vor der spanischen Kolonialisierung finden sich dort.

Das Gewölbe und die Seitenschiffe der Kirche sind im spanisch-maurischen Stil ausgemalt. Hier, ebenso wie an der Holzkuppel mit Holzschnitzereien im Mudejar-Stil, zeigt sich der muslimische Einfluss in Spanien, der ebenso wie andere europäische Baustile nach Peru importiert wurde.

Der Hauptaltar und das Chorgestühl sind aus Holz geschnitzt. Ein besonderes Schmuckstück ist der Kreuzgang des Klosters mit sevillanischen Zierkacheln aus dem 17. Jahrhundert,.

Dass die Bibel von jedem Volk unterschiedlich gesehen wird und sich je nach Land die Darstellungsweise der Figuren unterscheidet, wird in Peru besonders deutlich.

Im Refektorium des Klosters befindet sich ein Fresko des letzten Abendmahls. Das ist an einem solchen Ort an sich nichts Besonderes. Sieht man jedoch genau hin, fällt etwas Merkwürdiges auf: Statt eines Opferlamms dienen als Speise Meerschweinchen, eine der kulinarischen Spezialitäten Perus.

Lima bekam erst spät einen Friedhof. Um den Verstorbenen einen Platz zu geben, fand man eine andere Lösung – Katakomben unter der Kirche. Dieses Netz aus Gängen und Gewölben verzweigt sich unter der Stadt und diente einerseits dazu, bei Erdbeben entstehende Schwingungen aufzufangen; doch andererseits fanden dort bis 1808 etwa 25.000 bis 30.000 Menschen ihre letzte Ruhestätte.

Die Knochen wurden Mitte des 20. Jahrhunderts entdeckt und sortiert. Heute sind sie in geometrischen Mustern angeordnet zu sehen. Sie strahlen eine düstere Atmosphäre aus, sind aber, auf etwas makabere Weise, faszinierend.