Die Barmherzigkeitskirche liegt in der historischen Altstadt Limas etwa mittig auf dem Weg zwischen den beiden wichtigsten Plätzen, der Plaza Mayor und der Plaza de San Martin. Sie wurde 1535 zusammen mit dem angrenzenden Kloster gegründet, im gleichen Jahr wie Lima selbst. Allerdings gehörte das Land, auf dem die Kirche steht, schon vor der Stadtgründung dem Mercedarier-Orden, der sich dort ein Jahr vor der Ankunft des Stadtgründers Francisco Pizarro niederließ, um unter der besiegten indigenen Bevölkerung zu missionieren.

Die Basilica Nuestra Señora de la Merced, zu Deutsch Barmherzigkeitskirche, steht auf einem Gelände, das schon vor der Gründung Limas dem Mercedarier-Orden gehörte. Dieser Orden hatte sich im fruchtbaren Rímac-Tal niedergelassen, um unter der indigenen Bevölkerung zu missionieren. Dieses Tal war ein strategisch wichtiger Punkt. Denn einerseits befanden sich in der fruchtbaren Ebene des Rímac schon Siedlungen, andererseits war es relativ einfach, mit dem Schiff dorthin zu gelangen. Die Missionare mussten nicht den beschwerliche Weg über die Anden in Kauf nehmen. Heute steht die Kirche mitten in der Altstadt, an einem sehr geschäftigen Platz, umgeben von Gebäuden, die zu ihrer Anfangszeit noch nicht vorhanden waren.

Wie viele Gebäude in Lima überstand die Basilica Nuestra Señora de la Merced in den fast 500 Jahren seit ihrer Entstehung mehrere Erdbeben und Brände. 1591 bekam die Fassade ihre heutige Gestalt, die allerdings mehrfach zerstört und erst 1939 rekonstruiert wurde. In dieser Form, einer Mischung aus Lehmziegeln und Backstein, ist sie heute zu sehen.

Das im Stil des spanischen Barock gearbeitete, kunstvoll verzierte Portal, das sich klar vom Rest der Fassade absetzt, besteht aus panamaischem Granit. Dieses Gestein diente als Ballast und Stabilisator in Schiffsrümpfen und gelangte so nach Callao, einer Hafenstadt bei Lima. Über dem Tor thront auf einem Balkon die Heilige Jungfrau. Die Barmherzigkeitskirche selbst wurde mehrmals erweitert. Die heutigen Seitenschiffe entstanden im Laufe der Jahrhunderte, ebenso wie die Dekoration im Innern.

Die Kirche besitzt nur einen Glockenturm, ein politischer Streit verhinderte den Bau des zweiten Turms, sodass die Kirche von Außen ein wenig asymmetrisch wirkt. Geplant war der Glockenturm als der höchste Limas, was wegen der Einsturzgefahr bei Erdbeben nicht ausgeführt werden konnte.  Die Glocken im Turm, der das letzte Mal 1998 restauriert wurde, werden nur im September geläutet, dem Monat der Schutzpatronin der Mercedarier.

Die Erneuerungsarbeiten nach einem Erdbeben wurde im Stil der jeweiligen Zeit durchgeführt. Im Falle der Basilica Nuestra Señora de la Merced heißt das, dass das Portal im 20. Jahrhundert nach Plänen von 1591 restauriert wurde. Äußerlich ist die Kirche ein bemerkenswerter Bau. Die klar strukturierte, in Rosa und Weiß gehaltene Frontfassade wird von einem verschnörkelten, massiven Portal beherrscht. Es ist der auffälligste Zug der Kirche und ihr Markenzeichen. Der Baustil, in dem das Portal errichtet wurde, nennt sich Churriguerismus. Dieser nach zwei spanischen Brüdern benannte Stil zeichnet sich dadurch aus, dass die konstruktiven Elemente, wie Säulen und Bögen, durch allerlei Verzierungen verschleiert werden. Das Ergebnis ist eine verspielte wirkende Ansicht.

Die Kirche ist im Innern eher dunkel, was den wuchtigen Pfeilern und schweren Gewölben geschuldet ist. Durch die ausgeklügelte Beleuchtung wird dies aber wettgemacht. So kommt die Goldverzierung am Hauptaltar und den Seitenaltären auf geheimnisvolle Weise zur Geltung. Das Grab des Klostergründers Fray Miguel de Orenes befindet sich in der Kirche. In einer Nische ist das Grab Francisco de Becerras zu sehen, der den Mercenarier-Orden vor der Kirchengründung mit finanziellen Mitteln unterstützte.

Wie schon erwähnt, wurde Kirche mehrmals umgebaut und erweitert. So wurden im Laufe der Jahre die Seitenschiffe und die Innendekoration hinzugefügt. Im Innern herrschen stabil gebaute Tonnengewölbe vor, die der Kirche eine gewisse Schwere verleihen. Aufgelockert wird dies durch die raffiniert platzierten Fenster und das Beleuchtungssystem, das die einzelnen Schmuckelemente gut zur Geltung kommen lässt.

Die Dekoration der Wand- und Bodenflächen zeigt maurischen Einfluss. Die Gemälde, Skulpturen und Altäre dagegen sind Barock pur: Bunte Farben, feuervergoldete salomonische Säulen und Zierelemente, vor allem an den Seitenaltären. Diese Vergoldungstechnik macht den Schmuck besonders haltbar. In der Kirche befindet sich das Grab des Klostergründers Fray Miguel de Orenes. In einer weiteren Nische das Grab Francisco de Becerras, der den Mercedarier-Orden vor der Kirchengründung finanziell unterstützte. Dass die Spanier großen Wert auf qualitativ hochwertige Dekoration legten, zeigt sich auch an den Sevillanischen Fliesen, die die Wände des angrenzenden Klosters zieren. Wer sich für den spanischen Barock interessiert, oder einfach ein Paradebeispiel für die damaligen Repräsentativbauten sehen möchte, sollte sich die Basilika de Nuestra Señora de la Merced nicht entgehen lassen.